ادعى مفوض الحكومة لدى المحكمة العسكرية القاضي فادي عقيقي، على 68 شخصا بأحداث الطيونة وكل من يظهره التحقيق بينهم 18 موقوفا، بجرائم القتل ومحاولة القتل وإثارة الفتنة الطائفية والتحريض وحيازة أسلحة حربية غير مرخصة، والتخريب في ممتلكات عامة وخاصة.
وأحال الموقوفين مع الملف على قاضي التحقيق العسكري الأول بالانابة القاضي فادي صوان.